L’éducation de Comte à la zoologie, à la physiologie et à la biologie débute à l’époque où il est le secrétaire et collaborateur du comte de Saint-Simon, entre 1817 et 1824.Cette culture s’est faite de manière presque entièrement autodidacte, l’École polytechnique qu’a fréquentée le philosophe étant dépourvue d’une chaire de biologie et d’histoire naturelle. C’est probablement parce qu’il s’est intéressé à la biologie d’abord en amateur que, comme le souligne Georges Canguilhem citant Paul Tannery : « c’est dans le domaine de la biologie que la philosophie positive s’est révélée la plus neuve et a exercé l’influence la plus réelle. »

Comte s’est d’abord familiarisé avec les grands savants naturalistes du XVII^e siècle. Il évoque « les admirables conceptions du grand Linné », auteur de la première classification précise du règne animal et fondateur de la taxinomie. Dans son « Opuscule fondamental » de 1822, Comte écrit : « Les naturalistes étant de tous les savants ceux qui ont à former les classifications les plus étendues et les plus difficiles, c’est entre leurs mains que la méthode générale des classifications a dû faire ses plus grands progrès. » Ami de Blainville – titulaire au muséum, pendant près de vingt ans, de la chaire d’anatomie comparée -, admirateur de Buffon, Vicq d’Azyr et de Lamarck à qui il a fait une place dans son « Calendrier positiviste », Comte a, avec l’histoire naturelle et ses savants un rapport étroit mais parfois ambigu, voire critique.